Primera temporada
Al comenzar la serie los únicos mutantes en el instituto Xavier son el propio Charles Xavier, Lobezno (Wolverine en la original y Guepardo en la versión latina), Tormenta y los jóvenes Cíclope y Jean Grey. Por otra parte, está la mutante Mystique (Mística), que puede cambiar de forma y se hace pasar por directora de la escuela Bayville, trabajando bajo las órdenes de un oscuro mutante llamado Magneto.Los primeros episodios relatan la "guerra fría" entre ambos bandos por localizar mutantes y unirlos a su propio grupo, los X-Men y la Hermandad respectivamente. Al final de la temporada se desata la guerra entre ambos, y Magneto se lleva a los ganadores a su asteroide para "amplificar" sus poderes para combatir a la humanidad. Pero finalmente todos logran escapar y hacer explotar el asteroide.
1 Estrategia X | Ver CapituloKurt Wagner (Nightcrawler, Rondador Nocturno) se adapta a su nuevo hogar en el Instituto Xavier. Mystique realiza intentos para espiar la instalación. Ella alista a Todd Tolanski(Sapo), un mutante con una gran agilidad y lengua de sapo.
Nota: Primera aparición de Ciclope/Scott Summers (Cyclops), Jean Grey, Wolverine (Logan), el profesor Charles Xavier, Tormenta (Storm), Nightcrawler, Sapo (Toad), Mystique y Magneto
2 Impulso X | Ver CapituloKitty Pryde, nativa de New york, comienza a exhibir la capacidad mutante de ser capaz de pasar a través de objetos sólidos. Charles Xavier y Jean Grey(intentan convencerla para tratar de lograr que entre en su instituto ya que es una mutante. También aparece Avalancha (Avalanche), un mutante capaz de crear terremotos, que estudia en la misma escuela que Kitty y usa sus poderes de forma incorrecta. Es la primera aparición de Shadowcat (Gata Sombra) y Avalancha. También es la primera vez que Wolverine lucha contra su eterno rival en la serie, Sabretooth (Dientes de Sable).
3 El reclutamiento de Rogue | Ver CapituloRogue(Pícara) es una mutante que tiene la capacidad de absorber los poderes de los demás mutantes. En una fiesta accidentalmente toca a un muchacho y absorbe sus recuerdos y habilidades. Los X-Men van a Caldecott Country, Mississippi, para que se una a ellos. Sin embargo, Mystique no está dispuesta a dejarla fuera de su alcance. Ella encuentra a Rogue primero y la convence de que los X-Men quieren atacarla. Es la Primera aparición de Rogue y Destiny.
4 Destrucción Mutante | Ver CapituloFred Dukes(Blob), un ex-animador de secundaria de Texas, es inscrito por Mystique en Bayville Alto, pero su temperamento le impide tener amigos. Un día, en la escuela, Jean Grey se ofrece a ayudarle a encontrar su próxima clase, pero las cosas toman un giro cuando Fred se enamora de ella y más tarde la descubre con Scott Summers (Cíclope). Es la Primera aparición de Blob.
5 Mercurio y Espinas | Ver CapituloEvan Daniels, sobrino de Tormenta, es un mutante con la capacidad de proyectar deshuesadas espinas, parecidas a las de un erizo. A pesar de conocer sus facultades, Evan inicialmente se niega a unirse a los X-Men. Sin embargo, cuando un integrante del equipo de baloncesto, Pietro Maximoff(Quicksilver/Mercurio), continuamente le roba y le causa varios problemas, Evan acepta la oferta y pelea con él uniéndose finalmente a los X-Men. Son las primeras apariciones de Spyke y Quicksilver.
6 Universo Medio | Ver CapituloKurt con su comportamiento infantil hace que Scott se enfade con él y acaban discutiendo. Más tarde, Kurt, disgustado, activa accidentalmente un dispositivo que lo traslada a una dimensión paralela. Allí se reúne con Forge, que había quedado atrapado allí desde finales de los setenta, y juntos elaboran un plan para salir y regresar a su dimensión. Es la Primera aparición de Forge.
7 El regreso de Rogue | Ver CapituloCíclope y Jean Grey preparan una excursión para el club de geología, pero Mystique tiene otros planes en mente. Con la sustitución de Jean por Rogue, Mystique intenta distanciarla de los X-Men. Al final, Rogue descubre los planes de Mystique y finalmente Rogue se une a los X-Men.
8 El video de Espinas | Ver CapituloPara subir nota, Spyke decide hacer un documental sobre su vida. Sin embargo, su proyecto se ve turbado cuando Sabretooth utiliza la cámara de vídeo para averiguar donde está el Instituto Xavier con el fin de perseguir a Wolverine.
9 La supervivencia del más fuerte | Ver CapituloLos X-Men y la Hermandad luchan entre sí en un campamento de verano, aunque deban cooperar juntos para conseguir los objetivos. Mientras tanto Mystique libera a Juggernaut y este pelea contra Xavier. Es la Primera aparición de Juggernaut.
10 Pasado en sombras | Ver CapituloRogue tiene pesadillas sobre Kurt. Anteriormente, Rogue había absorbido los recuerdos y poderes de Mystique, permitiéndole descubrir que Nightcrawler es su hijo. También descubre que ha sido objeto de atroces experimentos realizados por Magneto, pero decide no decírselo.
11 Mal recuerdo | Ver CapituloLos orígenes de Wolverine vuelven a acosarlo y torturado. Entonces, él decide entrar en la frontera Canadiense, para encontrar las instalaciones de Arma X (Weapon X). En esta ocasión no solo se enfrenta a su rival, Sabretooth, sino tan bien al médico que le proporcionó su esqueleto de adamantium. Resulta que el médico todavía planea utilizarlo, a través de un microchip que implantó en el cerebro de Logan hace mucho tiempo. Todo depende de Shadowcat y Nightcrawler (que acompañan a Wolverine por accidente, cuando se fueron en el Jet-X) para salvar el día.
12 La caldera | Ver CapituloJean Grey es atacada por Sapo y luego secuestrada por Magneto. Scott, se reúne con su hermano Alex, que se ven obligados a luchar contra la hermandad de Magneto. Mientras, que Charles Xavier es secuestrado por Magneto, Wolverine se enfrenta a Sabretooth, los estudiantes son atacados por la Hermandad siendo Rogue la vencedora y Tormenta es emboscada por Mystique la cual es vencida. Más tarde, Tormenta es llevada junto con Rogue al asteroide de Magneto y allí se encuentra Charles Xavier, Scott, Alex, Jean Grey, Magneto y la Hermandad (menos Mystique y Sapo que fueron vencidos). Es la primera aparición de Havok.
13 La caldera Segunda Parte | Ver CapituloMagneto, realiza múltiples batallas para obtener mutantes que son "dignos" de unirse a él en el Asteroide M. Los "ganadores" son secuestrados por la fuerza y llevados a una máquina para incrementar sus poderes mutantes al máximo.
Segunda temporada
Cada día surgen más mutantes cuya existencia es ignorada por la opinión pública. La mayor parte de los episodios retratan los intentos por mantener su existencia en secreto, intentos que llegan a un desastroso final cuando los X-Men y la Hermandad deben combatir juntos a un gigantesco Centinela (un robot) en medio de una avenida, y siendo filmados todo el tiempo por las cámaras de televisión.La Hermandad se queda sin líderes, y deja de ser un grupo de supervillanos para pasar a ser simplemente un grupo de busca pleitos. Mystique anda por su cuenta, haciéndose pasar por una nueva alumna(Misty), para ganarse así la amistad de Rogue, a quien considera su hija. Mystique finalmente regresa a la Hermandad con una gran sorpresa: Wanda Maximoff, la poderosa hija de Magneto. Ella fue encerrada por Magneto en un manicomio y desde entonces ella lo odia y a su hermano Pietro.
1(14) Dolores de crecimiento | Ver CapituloLa Hermandad, en un partido de fútbol del equipo de Jean, amenaza con exponer sus poderes mutantes al mundo. Pero, por suerte, los X-Men están allí para impedirlo. Es primera la aparición de nuevos mutantes y Misty.
2(15) Falla de energía | Ver Capitulo
Tras unos días de trastornos, Jean Grey pierde el control de sus poderes, y la única capaz de contenerla es Rogue. Es la primera vez que se muestran los poderes de Fénix.
3(16) La gran confusión | Ver CapituloBoom Boom, una mutante capaz de producir explosivos, empieza a coquetear con Nightcrawler, hasta que recibe una visita de su padre que la obliga acometer un delito para él. Tabitha acepta, pero luego se cruza en el camino de la Hermandad, y se une a ellos. Es la segunda aparición de Boom Boom ya que anteriormente sólo había aparecido de personaje secundario.
4(17) Juegos y diversión | Ver CapituloMientras que el profesor Xavier va a visitar a Juggernaut a su celda, los mutantes más jóvenes engañan a Cíclope y Jean Grey para hacer una fiesta en la mansión. Sin embargo, tienen entre ellos a un invitado un tanto desagradable que es Arcade, un chico al que le enncantan los videojuegos. Es la primera aparicion de Arcade.
5(18) La bestia de Bayville | Ver CapituloEl Dr. Hank McCoy no puede luchar contra la violencia de su naturaleza bestial, el suero que lo había mantenido al margen falla, por lo que decide crear una sustancia nueva que lo convierte en un monstruo y acude al profesor
6(19) A la deriva Ver CapituloCíclope y Alex están de vacaciones cuando una gran tormenta amenaza sus vidas, Charles Xavier, Jean Grey y Tormenta van a salvarlos.
7(20) En las alas de un Ángel | Ver CapituloEn época de Navidad, un misterioso ángel salva la vida de una mujer en un edificio en llamas. Su nombre es Warren Wornington, un mutante muy seguro de sí mismo que posee unas impresionantes alas parecidas a las de un ángel. Rogue y Cíclope lo buscan pero Magneto decide utilizarlo para incrementar el odio de las personas hacia él y los dos X-Men tienen que enderezar las cosas. Es la primera aparición de Ángel.
8(21) Tormenta africana | Ver CapituloTormenta es atormentada por Houngan, un malvado chamán africano que quiere apoderarse de Tormenta y de África, la asusta en la mansión y luego la rapta, los X-Men van a salvarla pero se dan cuenta de que Tormenta está poseída por Hougan. Al final, Spike destruye el cetro de Hougan liberando a Tormenta quien elimina a Hougan con un tornado. En este episodio se muestra el pasado de Tormenta.
9(22) Paseo | Ver CapituloLance Alvers(Avalancha) quiere sumarse a los X-Men con el fin de estar cerca de Kitty. Lamentablemente, el resto de la Hermandad, junto con varios de los X-Men, no están satisfechos con su decisión, por lo cual hacen que se retire de los X-Men.
10(23) Conoce el Lado Salvaje | Ver CapituloLas chicas de los X-Men están hartas de estar en segundo plano con lo cual forman un equipo de vigilancia para luchar contra el crimen. Por un tiempo, las cosas van muy bien, pero al final, un viejo enemigo se cruza en su camino haciendo que se retiren. Mientras tanto Kurt y Scott intentan ayudarlas en secreto.
11(24) Operación: Renacimiento | Ver CapituloNick Fury, informa a Wolverine de que Magneto ha robado un dispositivo utilizado para crear un súper soldado. Capitán América, Wolverine, Nightcrawler y Rogue van a recuperarlo. Mientras tanto, Logan recuerda algo acerca de su historia con el Capitán América durante la Segunda Guerra Mundial, cuando conoció por primera vez a Erick Lenhser.
12(25) Desconcertante | Ver CapituloUn misterioso hipnotizador llamado Mesmero secuestra a algunos de los X-Men para que roben objetos para él, para poder abrir la primera entrada que conduce a un mutante de la antigüedad egipcia llamado Apocalipsis.
13(26) Baile de Sombras | Ver CapituloEn el instituto se celebra un baile por parejas. Scott y Jean deciden ir al baile por separado. En el entretanto, Forge construye un dispositivo que aumenta el teletransporte de Nightcrawler, pudiendo llevarle a otra dimensión plagada de monstruos que se escapan de su dimensión, gracias a la abertura entre dimensiones que deja Kurt al
teletransportarse, la noche del baile. En este episodio hace su primera aparición Amanda Sefton, la novia de Kurt Wagner.
14(27) El Retiro | Ver CapituloPara ayudar a Bestia a superar el problema que le supone su mutación, Kitty organiza un viaje al campo con sus compañeros. En el bosque, los cazadores confunden a bestia con Big Foot(Pie grande) y lo capturan. Entonces, los jóvenes mutantes deben ir a salvar a su maestro.
15(28) Factor Hex | Ver CapituloLa mentalmente inestable e inmensamente poderosa mutante llamada Wanda Maximoff es secuestrada por Mystique y se convierte en el miembro más reciente de la Hermandad, para desgracia de su hermano Pietro. Es la primera aparición de la Bruja Escarlata/Scarlet Witch (Wanda Maximoff).
16(29) Día del Juicio Parte 1 | Ver CapituloEl anti-mutante, Bolivar Trask secuestra a Wolverine y le presenta a su nueva invención, los Centinelas. Mientras tanto, Magneto quiere provocar una guerra total entre el hombre y los mutantes para crear el caos.
17(30) Día del Juicio Parte 2 | Ver CapituloLos X-Men, se unieron con equipos de la Hermandad para luchar contra los centinelas que están arrasando la ciudad y destruyendo a todos los mutantes, pero entonces, un giro sorprendente, demuestra que Mystique había secuestrado al profesor y se había hecho pasar por el tras programar la autodestrucción de la mansión. Tormenta lidera a los X-Men y la hermandad contra el centinela. Primera aparición de los acólitos (Gambito, Pyro, Colosso), los Centinelas, y Bolívar Trask.
Tercera temporada
El secreto de los mutantes ya es conocido en todo el mundo. Ahora realizan grandes esfuerzos para poder ser aceptados en la sociedad. Por otra parte, surge una amenaza para todos: un poderoso mutante del pasado, Apocalipsis. Narra también las aventuras y desventuras de los chicos de la hermandad, así como giros imprevistos en la historia.
1(31) Día de Recuperación | Ver CapituloEl resto de X-Men y los miembros de la Hermandad van al Área 51 para salvar sus miembros en cautividad. Sin embargo, cuando los X-Men y la Hermandad tratan de escapar, Mystique queda atrapada en el Area 51 gracias a Cíclope, ellos le dicen que el Profesor X está en escuadrones de la división. Los X-Men están solos en un mundo que les rehúye.
2(32) Las Cosas de los Héroes | Ver CapituloTormenta y Bestia se presentan ante el Senado para tratar de frenar el gran racismo anti-mutante. Los X-Men tienen que parar a Juggernaut, que fue desatado por Mystique y amenaza con destruir una presa. Rogue, ayuda absorbiendo los poderes de Juggernaut y sus recuerdos, descubriendo así el lugar donde se retenía al Profesor X. Mientras que Juggernaut es arrojado a la presa por Rogue, Iceman lo congela en un gigantesco bloque de hielo. Viendo esto, el Congreso decide no aprobar cualquier legislación anti-mutante.
3(33) Incorporación | Ver CapituloLos X-Men regresan a Bayville donde son despreciados y maltratados. Edward Kelly, el peor de todos, se dedica expresamente a fomentar el perjuicio contra todos los mutantes de Xavier y de Nueva York. El Consejo Escolar decide no admitir a los mutantes asistir a la escuela. La Hermandad ataca a Cíclope. Los X-Men tratan de detenerlos sólo usando sus poderes para salvar a las personas y la Junta Escolar decide que se les permitan asistir a la escuela.
4(34) Las cosas de los villanos | Ver CapituloWanda quiere saber dónde está su padre Magneto y amenaza a Caliban y a su hermano Quicksilver para reunir más información, y cuando él se niega, Wanda, lo entrega a la policía. Cuando la Hermandad intenta liberarlo, Rogue y Shadowcat aparecen y rescatan a Pietro y a los policías, y estos a su vez por agradecimiento las dejan marchar. Sin embargo, el desagradecido Pietro, con la ayuda de Gambito, se convierte en el nuevo líder de la Hermandad.
5(35) Callejón sin Salida | Ver CapituloAlex llama a Scott para decirle que está en México y quiere que le haga una visita. Scott al buscarlo en el aeropuerto es secuestrado por Mystique y ella intenta vengarse, por haberla dejada abandonada en el área 51, y lo abandona en un desierto de México. Jean lo presiente en su mente, que fue secuestrado y está perdido en el desierto. Jean, al saber que Alex no ha visto aun a Scott sale en su busca.
6(36) Medidas Extremas | Ver CapituloSpyke, se une a un concurso de patinaje patrocinado por "Pow R-8" soda. Sin embargo, Pow R-8 es perjudicial para los mutantes, y cuando Spyke da un trago, lo desfigura. Él es salvado por los Morlocks, y al final, acaba uniéndose a ellos.
7(37) El Sapo, la Bruja y el Armario | Ver CapituloWanda sigue las pistas de Magneto hasta una estación de esquí. Mientras tanto, Kurt es invitado a cenar en casa de Amanda y durante la cena Toad le roba su reloj(en realidad es un dispositivo para ocultar su aspecto demoniaco) y los padres de Amanda descubren su verdadera identidad. Toad, utiliza el reloj para parecer atractivo ante Wanda. Sin embargo, ella es secuestrada por Magneto y Toad acude a Kurt para pedirle que le ayude a rescatarla. Al final la consiguen rescatar, pero demasiado tarde ya que le han lavado el cerebro y eliminado el odio que sentía hacia Magneto.
8(38) Dueña de sí misma | Ver CapituloRogue se siente frustrada por la relación entre Jean y Scott. Ella es consolada por su amiga Misty, pero cuando la toca accidentalmente y le absorbe los poderes, descubre que ella era en realidad Mystique disfrazada. Rogue pierde el control de sus poderes, al absorber el poder de varias personas más accidentalmente, y sufre un múltiple trastorno de la personalidad, trasformándose en todas las personas que ella había tocado. Los X-Men intentan parar a su amiga, que posee todos sus poderes combinados, fracasando en el intento, todos excepto Logan que logra detenerla.
9(39) Bajo 7 llaves | Ver CapituloÁngel descubre a Gambito robando un misterioso artefacto e intenta evitarlo perdiendo el conocimiento. Cuando los acólitos quieren robar otro artefacto, luchan con los X-Men y descubren que existe un plan mayor. Pronto, los dos equipos se enfrentarán a una araña, que parece ser virtualmente imparable. En este episodio el equipo de X-Men que va en contra de la araña es el equipo original de los cómics (Cíclope, Bestia y Jean Grey, Iceman, y Ángel)
10(40) El crusero del terror | Ver CapituloTomando un descanso, los X-Men(sin Rogue) van a un crucero de placer. Sin embargo, Magma enferma y algunos X-Men deciden acompañarla a una isla, en la que se sucede un volcán. Los X-Men utilizan sus poderes y salvan a la población siendo considerados como unos héroes. Más tarde en las Aguas Termales, al bañarse, Magma provoca accidentalmente un volcán. Cuando el volcán amenaza con explotar de nuevo, Magma se sumerge en su corazón para silenciarlo de una vez por todas. Originalmente fue presentada fuera de orden.
11(41) X 23 | Ver CapituloUna misteriosa asesina aterroriza la Mansión, dejando afuera del juego a los X-Men, uno por uno. Wolverine descubre que es su clon, creado por Hydra, y quiere matarlo, ya que ella cree que Wolverine es el responsable de su miserable vida. Wolverine y X-23, pelean fuera de la mansión. Una batalla en la que Wolverine no quiere ganar. Es la primera aparición de X-23.
12(42) Horizontes oscuros Parte 1 | Ver CapituloRogue cae bajo el control mental de Mesmero, que la utiliza como un arma para absorber los poderes de todos los mutantes, los X-Men(menos Tormenta por que ya antes los había Absorbido) la hermandad y los acolitos. Los tres equipos se unen para cooperar y encontrar a Mesmero, ya que usa a Rogue para que le proporcione los poderes necesarios para despertar a Apocalipsis.
13(43) Horizontes oscuros Parte 2 | Ver CapituloLos X-Men, la Hermandad y los Acolitos(excepto Wolverine, Gambito y Dientes de Sable que van por otro camino), van a Egipto para detener el despertar de Apocalipsis, pero fracasan ya que son detenidos y agrupados por gigantescas estatuas egipcias las cuales luego son destruidas; Apocalipsis vuelve a la vida. La humanidad está ahora en terrible peligro. Mientras tanto Mystique es engañada y convertida en piedra por mesmero.
Cuarta temporada
1(44) ImpactoMagneto decide enfrentarse a apocalipsis pero era muy fuerte y magneto explota.
2(45) Las Malas AccionesWanda estaba triste por la muerte de su padre y causa que el tren en el que viajaban se descarrilara y salvan a las demás personas, por lo que son bien recompensados y desiden causar más accidentes para salvar a la gente, pero causan un accidente que no pueden controlar y los X-Men tienen que ayudar a las personas.
3(46) Objetivo XDespués de ser secuestrado por Omega Rojo, Wolverine se las arregla para escapar a un bosque cercano. Allí se encuentra con su clon, X-23, en una misión para destruir a la persona responsable de la creación de ella, Madame Hydra. Ahora, los dos quieren tomar la base de Hydra y destruirla. Mientras tanto, Cíclope y Jean Grey tratan de enseñar a los Nuevos Mutantes las formas avanzadas de usar sus poderes mutantes.
4(47) Los Pecados del hijoDavid Charles Xavier, el hijo de Xavier ha sido aparentemente secuestrado. Xavier, Tormenta, Cíclope, Jean Grey van a buscarlo, pero resulta que David sufre de trastorno de personalidad múltiple, y que su personalidad dominante malicioso, llamado Lucas, se vuelve la que domina el cuerpo de David. Mientras tanto, Kitty y Kurt algunas desventuras mientras están enfermos de un fuerte resfriado y Kurt cada vez que estornuda utiliza su poder mutante inconscientemente.
5(48) AlzamientoSpyke hace su regreso, después de haberse convertido en el vigilante que protege a los Morlocks. Él no tiene miedo de ir en público con su mutación desfigurante, causa pánico en su entorno, sobre todo porque el repudio contra los mutantes va en aumento. El anti-mutante racista Matthews Duncan y sus amigos van y cazan a Spyke, hasta tropezar con un niño pequeño llamado Dorian Leech un mutante que activa su poder y desactiva todas las armas de los amigos de Matthews Duncan y los poderes de los mutantes también se ven desactivados momentaneamente.
6(49) Especias CajúnGambito secuestra a Rogue, pero afirma que está tratando de ayudarla a olvidar lo que le hizo a Mystique. Él dice que ha estado mirándola durante semanas y que ella es "como una niña feliz". Él afirma que sólo le da un empujón en la dirección correcta, porque de Rogue estado pensando en huir. Pero en realidad Gambito es sólo su uso para ayudar a encontrar a su padre adoptivo, que ha sido secuestrado.
7(50) Una Remota PosibilidadShadowcat conoce a Danielle Moonstar y rápidamente se hace amigo de ella. Sin embargo, ella se despierta a la mañana siguiente y se da cuenta que ella aparentemente soñó todo. Curiosamente, parece que sus sueños tenían un significado más profundo, que conduce a una carrera contra el tiempo donde Kitty intenta encontrar a su nuevo amigo.
8(51) Ascensión (Parte I)Apocalipsis absorbe la tecnologia que había dentro de las pirámides, luego el doctor Xavier se contacta con él y Apocalipsis muestra cuales son sus planes de convertir todos los seres humanos con el gen X inactivo en mutantes. Él ha convertido a Magneto, el Profesor X, Tormenta, y Místic en sus Cuatro Jinetes, y los mandan a defender a las otras pirámides que están siendo atacadas por los centinelas.
9(52) Ascensión (Parte II)Con el fin de evitar que toda la humanidad sea convertida en mutantes, los X-Men, la Hermandad, SHIELD, los acólitos, Angel, Spyke, Havok, y los Nuevos Mutantes unen sus fuerzas para salvar a la humanidad de las ambiciones de la gran tribulación. Rogue derrota a Apocalipsis en el último minuto con préstamo de poderes de cancelación de Leech. Se detiene la energía de las pirámides y cierra su caso, mientras que Apocalipsis está todavía allí, Wolverine ayuda, su devolución a través del tiempo. Profesor X le dice a todos los que ayudó a detener la catástrofe de sus visiones del futuro mientras se encontraba bajo el control de Apocalipsis.
